עולי הגל השני של מבצע "מרבד הקסמים" שהגיעו לארץ באביב 1949, הגיעו במצב רפואי קשה ביותר. במיוחד היה קשה מצבם של הילדים. מחלות טרופיות בלתי מוכרות (גם לא בקרב העולים הקודמים מתימן), היו נפוצות. משלחת משרד הבריאות, (ראה מרבד הקסמים ב') שהמליצה על העלאתם המהירה של השוהים במחנה חאשד הבהירה גם את התפוצה הרבה של מחלות מדבקות בקרבם.

​

על מנת להיערך לקליטתם ולטפל בהם מבחינה רפואית באופן מיטבי, הוקמו מחנות עולים נפרדים לעולים מתימן – 3 מחנות בראש העין, 3 מחנות ליד קיבוץ עין שמר, ומחנה נוסף בבית ליד. חלק מהעולים גם נשלחו למחנות אחרים.

​

חלק ניכר מהצוותים שמחלקת הקליטה של הסוכנות העסיקה במחנות אלו כללה יהודים ממוצא תימני ששהו כבר שנים בארץ. הדבר נועד להקל על קשיי התקשורת עם העולים. במחנות אלה העולים שהו באוהלים. החורף הקשה ומרובה הגשמים של 1949-50, שהחל במקביל לגל השני של מרבד הקסמים, החמיר עוד יותר את תנאי המגורים הקשים ממילא.

​

במחנות העולים בארץ, על אף שהתנאים היו טובים יותר מאשר במחנה חאשד, המצב הבריאותי של העולים היה בכי רע. בעיות ההיגיינה החריפו את מצב הבריאות הקשה והחורף הותיר את רישומו. עומס רב על קולטים מעטים, פטרונות מצד הקולטים, וחשש שמהתפרצות ארצית של מחלות שתקפו את העולים, הביאו לנקיטת צעדים חריפים. החשש מתמותת התינוקות, שהיו פגיעים יותר מאחרים, הביאה למדיניות של בידוד התינוקות בבתי התינוקות, בהם הם היו מוגנים. ילדים גדולים יותר הועברו במסגרת מבצע "קורת גג", לבתים של וותיקים שהתנדבו לארחם בביתם עד שיחול שיפור בתנאים.