סוגיה זו הטרידה לא רק את גורמי הרפואה או מנהלי המחנות. היא עלתה תכופות על שולחנן של הממשלה והסוכנות היהודית. הומלץ על שיפור ברמת ההיגיינה, על חלוקה נפרדת של אוכל למבוגרים ולילדים, כדי שהילדים יקבלו מספיק אוכל, וכן על הפרדת התינוקות הרכים ממשפחותיהם ושיכונם במבנים מוגנים יותר. כך הוקמו במחנות העולים של עולי תימן, בתי התינוקות.

​

הפרדה זו, שבעיני בני המאה ה-21 נשפטת באור אחר, לא הייתה כל כך חריגה בעיניים ישראליות של 1949-50. הפרדה כזו התבצעה בקיבוצים. הורים רבים, מגרמניה, פולין ומרוקו, מסרו ילדים בגילאי 12 – 14 למוסדות עליית הנוער בארץ אחרת (דברים שלמרבית ההורים במאה ה-21 נראה בלתי סביר לחלוטין). הורים ניצולי שואה נדרשו למסור ילדים לבתי תינוקות במחנות עוקרים בקפריסין ומאוריציוס. זה ההקשר בו יש לראות את העברת התינוקות של עולי תימן לבתי תינוקות בהם הם יוזנו טוב יותר, ישהו במקום חם ותחת השגחה ויזכו לטיפול מיטבי.

גורמי הרפואה והסעד כמו גם הנהלת המחנות, החלו ביישומה של הפרדה זו. במרבית המקרים הם שיכנעו את המשפחות התימניות למסור את ילדיהן לטיפול. היו מקרים חריגים בהם ההורים התנגדו למסירת הילדים. ישנן עדויות מאוחרות שאין לשלול אותן, לפיהן במקרים כאלה הופעלו אמצעי לחץ וכפייה על ההורים להסכים להעברת הילדים לבתי התינוקות.

​

ככלל, בחברה הישראלית הדימוי על ההורות של העולים מארצות המזרח, כפי שהוא עולה מעיתונות תקופה, היה מלווה בסטריאוטיפים שליליים. לעיתים מבוססים על מה שראו הכותבים לנגד עיניהם ולעיתים, כדרכם של סטריאוטיפים, בלתי מבוססים.

​

התינוקות שהופרדו, טופלו בבתי תינוקות במחנות. עבור תינוקות שינקו, התאפשר ביקור סדיר של אמהות על מנת להניק את התינוקות. לעיתים קרובות, כאשר היו מגפות במחנה, נאסר על ההורים לבקר בבתי התינוקות, על מנת לשמור על אוכלוסיית התינוקות, אוכלוסייה בסיכון, בבידוד, למען בריאותם.

ילדים שחלו הועברו מבתי התינוקות אל בתי החולים הזמניים שהוקמו במחנות, ואם מצבם החמיר, לבתי חולים קבועים, מחוץ למחנות. מבנה השמות של הילדים מבין עולי תימן, שלא התאים למערכת הבירוקרטית הישראלית שהושתתה על שם פרטי ושם משפחה, הקשה לעיתים על המעקב. הילדים הועברו תחת שמות משובשים. כך למשל, ילד שנרשם תחת שמו ושם האב והסב בבית התינוקות, הועבר לבית חולים כאשר שם הסב הופך להיות שם משפחה, ושם האב נמחק מהרישומים. בהמשך, כאשר ילד כזה נפטר, קשה היה לזהות ולהודיע למשפחה על כך. בוודאי שלא ניתן היה להמתין עד שיגיעו על מנת לקבור את הילד בנוכחותם. בבתי החולים שבמחנות לא היו חדרי קירור, ולא ניתן היה להחזיק גופות זמן רב, בלי שהדבר יביא למחלות. במקרים נדירים כאלה, משפחה לא קיבלה הודעה על שלא הגיעה לשאול על גורלו של הילד. כך נוצר מצב שמשפחות למדו על פטירת תינוקם רק כשבאו לבקר, ולאחר שהתינוק נקבר. לעיתים הסתובבה במחנה  מכונית שהודיע בכריזה למשפחות שתינוק תחת שם זה וזה נפטר, מציאת שקשה לדמיין אותה במאה ה-21. אולם כך נהגו בני התקופה, עם הנורמות של אז, ועם המציאות של תמותת תינוקות נרחבת ומגיפות קטלניות שעימה התמודדו.