עולים תימנים ותיקים שרבים מהם היו חברי הסתדרות וחברי מפא"י, טענו שאנשי המפלגות הדתיות מביימים חטיפות ילדים "ומעלילים עלילות בהסוואה דתית". 
בחקירה הראשונה של הפרשה, ב-1966, לא היו להורים המוחים זיהוי פוליטי. מארגני הועדה הציבורית היו צעירים שלא היו קשורים להנהגה הממוסדת של עולי תימן, התאחדות התימנים. את הפניה לכנסת בעקבות כתבות בעיתונות העלה הח"כ יליד סלוניקי ברוך עוזיאל, איש המפלגה הליברלית (באותם ימים – חלק מגח"ל, גוש חרות ליברלים, שהייתה מפלגת אופוזיציה). הטענות החריפות (שנבדקו ונשללו) על מכירת ילדי תימן לארה"ב תמורת $5000 עלו גם הן על ידי עיתון שהיה מתנגד מובהק של מפא"י – העולם הזה. עורכו של העיתון, אורי אבנרי, כיהן באותם שנים כחבר כנסת מטעם המפלגה שייצגה את העיתון (העולם הזה הכוח החדש) אולם לא היה מעורב כלל בפרשה.

ועדת בהלול-מינקובסקי, שפעלה בשנים 1967-68 פעלה, כך נראה ללא מעורבות פוליטית. חברי "הוועדה הציבורית למען ילדי תימן" שהובילו את המאבק להקמת הוועדה ביטאו הוקרה רבה לפעילותה, ככל הנראה כיוון שהסוגייה נחקרה לגופה, ללא מעורבות של גופים פוליטיים שהאינטרס שלהם הוא לעיתים קרובות להשאיר את הפרשה בכותרות.

ב-1980 התפרסם בארה"ב הספר Genocide in the Holyland (רצח-עם בארץ הקודש) על ידי נטורי קרתא. בספר הוצגה חטיפת הילדים כהמשך המזימה של כפיית חינוך חילוני על התימנים על ידי הציונים. הספר הגיע לארץ בתיווך תנועת כך של מאיר כהנא ויצא תחת הכותרת – "הספר השחור, מה עוללו אנשי השמאל לעדות המזרח".

במחצית שנות השמונים רעשה הארץ מהתעוררות מחודשת של הפרשה. הועדה הציבורית הוקמה מחדש. כאשר נפגשו חבריה עם ראש הממשלה יצחק שמיר, ניסה ראש לשכתו, צחי הנגבי (לימים, שר בממשלה שתומך בטענת החטיפה), לבדוק האם הליכוד יוכל להפיק רווח פוליטי מהפרשה. גם כאן, התמיכה בטענות החטיפה באה לעיתים קרובות מאותם חוגים שטענו זאת בעבר, חרדים (מנחם פורוש) ואנשי חרות (דב שילנסקי). ב-1994 היה זה עוזי משולם שאימץ את הטענות הללו. משולם, שבא מהמגזר הדתי לאומי ורבים מתומכיו היו חובשי כיפות סרוגות, אימץ עמדות אנטי ציוניות הדומות לעמדות  כהנא ולנטורי קרתא, שעיקרן - מדינת ישראל פוגעת ביהדות המסורתית. בראיונות בתקשורת הוא הצביע על ספרם של אנשי נטורי קרתא כאסמתא לטענת החטיפה.

במסמך מ-1997, שנמצא בתיקי משרד הרווחה, כתב מישהו, ככל הנראה יועץ פוליטי לשר, איש ש"ס דאז אלי ישי, שאם הציבור הספרדי היה אז בקומה זקופה, כמו שהוא היום בזכות ש" ס, לא הייתה מתרחשת פרשת החטיפות.

בעשור השני של המאה ה-21 התרבתה תמיכה בטענת החטיפה דווקא מקרב החוגים המזוהים עם השמאל הרדיקלי כמו עמותת עמר"ם. טענה זו התיישבה עם גישה בסיסית שלידתה של מדינת ישראל בחטא. היא גם תאמה את רוח התקופה של "שיח מיעוטים". במהלך כהונתה של הכנסת ה-20 הוקמה ביוזמת ח"כ נורית קורן מהליכוד, חברת כנסת מהקואליציה, ועדה פרלמנטרית לבירור הפרשה. ועדה זו, הרביעית במספר, לא הגיעה למסקנות אולם חקירותיה הסתיימו בדרך כלל באיתור מידע על פטירת ילדים, בדומה לוועדות שקדמו לה.

נכון ל-2020 התמיכה בטענת החטיפות נשמעת מכל הצדדים במערכת הפוליטית. החל מאיתמר בן גביר מתלמיד הרב כהנא, וכלה בעופר כסיף מחד"ש והיבא יזבק מבל"ד, מתמר זנדברג ממרץ ומאיילת שקד מימינה, מצחי הנגבי בליכוד למאיר כהן ביש עתיד.